شکنجه و زندان 
انتشار این تصویر بر روی جلد مجله اکونومیست و بازتاب بین‌المللی آن به صدور حکم اعدام برای باطبی انجامید
باطبی در زندان به بدلیل تحمل شکنجه و حبس طولانی سکته ناقص مغزی کرده و به وضعیت کما رفت و به بیماریهای مختلف مبتلا گردید.
وی در گفتگو با روزنامه هرالد تریبون بین‌المللی درباره شکنجه‌ها گفت که ۱۷ ماه را در حبس انفرادی همراه شکنجه گذرانده است. بازجویان در تلاش بودند تا وی در یک اعتراف ویدیویی بگوید که پیراهن خونین متعلق به همکلاسی دانشجوی وی نبوده و با خون حیوانات رنگ شده‌است.
وی را دوبار با چشم بسته به پای چوبه دار بردند که یک بار برای ۴۵ دقیقه، طناب دار به گردن او بود و بار دیگر، با چشمان بسته طناب دار به گردنش انداخته و دو نفر دیگر را در کنار او دار زدند. بازجویان با کابل فلزی بیضه‌های او را مضروب کردند، دندانهایش را شکستند، سرش را در مدفوعش فرو بردند، دستهایش را از پشت می‌بستند و از سقف می‌آویختند، او را محکم به یک صندلی می‌بستند، شبهای متوالی بیدارش نگاه می‌داشتند و روی بریدگی‌هایش نمک می‌پاشیدند.باطبی می‌گوید برای آنکه دیوانه نشود با بازجویان مقابله می‌کرده‌است.
وی در گفتگو با شبکه تلویزیونی صدای آمریکا شکنجه‌های روحی و جسمی‌اش را در زندان تشریح کرد و گفت بر اثر شکنجه‌هایی که بر وی وارد شده بخش راست مغزش متورم گشته‌است. وی همچنین به فشار و تهدید خانواده‌های زندانیان اشاره کرد و هدف از این شکنجه‌ها را اعتراف گرفتن به مسائلی از پیش تعین شده معرفی کرد.
پزشک معالج وی دکتر حسام فیروزی نیز بدلیل گفتگو با رسانه‌ها درباره وضعیت وی و بیماری‌هایی که او در زندان بدانها مبتلا شده‌است متهم به تبلیغ علیه نظام و محکوم به یک سال حبس قطعی شد.
فشارها به باطبی به حدی بود که حتی خانواده وی نیز از تعرضات دستگاه اطلاعاتی و قضایی ایران در امان نماندند. از نمونه فشارهای وارد به خانواده باطبی می‌توان به دستگیری سمیه بینات (همسر وی در زمان دستگیری) و همچنین سانسور همیشگی نام خواهرش ماریا باطبی، قهرمان کاراته کشور در رسانه‌ها خبر داد.
پس از ربودن همسر او در گرگان مقام‌های اطلاعاتی او را مجبور کردند در تماسی با خانواده‌اش بگوید که در یک سفر کاری در مشهد است.[نیازمند منبع] احمد باطبی پس از اعلام ربودن بینات دست به اعتصاب غذای خشک در زندان زد و بدلیل وخامت حال به بیمارستان منتقل شد. ماموران از درمان وی در بیمارستان شهدای تجریش جلوگیری کرده و پس از انتقال به بیمارستان امام خمینی، وی را به زندان باز گرداندند. عفو بین‌الملل نیز در بیانیه‌ای شخص علی خامنه‌ای را خطاب قرار داد و لزوم درمان احمد باطبی و آزادی سمیه بینات را به وی گوشزد کرد.
او پیش از آن نیز بدلیل دیدار با آمبئی لیگابو، گزارشگر حقوق بشر سازمان ملل توسط ماموران ربوده شده بود.
باطبی در مصاحبه با نوشابه امیری (روزنامه نگار مقیم پاریس) گفت که تحمل دوران مشقت بار زندان با توصیه‌های عباس امیرانتظام، قدیمی‌ترین زندانی سیاسی نظام جمهوری اسلامی ایران، برای وی ممکن شده است. وی یادآور می‌شود عباس امیرانتظام به وی مراجعه می‌کند و درخواست ملاقات می‌کند و در ملاقات‌هایش به باطبی راه کارها و فنونی را برای ادامه زندان می‌آموزد.
صفحه 4 از 11
